2004年，是近年来首次出现种棉效益低于种粮效益的一年，今年棉花种子市场由此出现了多年未有的冷清。受2004年棉花市场的直接影响，今年棉种市场出现启动晚、销量减、总量足、个别缺、效益降等5个特点。导致棉种市场冷清的主要原因除了棉花收购价格大幅波动伤了棉农心，政策引导让很多棉农改棉种粮，棉花种子经营企业等待观望使得棉种市场成为8年来启动最慢的一年以外，棉种新品种少，尤其是过硬的、有突破性的新品种更少也成为导致棉种市场转冷的因素。虽然近几年审定的棉花新品种不少，但没有突破性的品种。为了适应棉农和棉花市场的需求，有关人士认为，今后棉花育种将向着以下方向发展：

品种杂交化

杂交棉品种较常规棉品种具有明显的丰产性、抗逆性，推广前景广阔。无论从棉花生产需要还是从商家角度考虑，杂交化都是棉种发展的方向。但短时间内还是以常规种为主。

转基因多项化

目前我国生产上应用的转基因抗虫棉品种，不管单价还是双价，都只有单一的抗虫功能。在农业发达国家，早就掀起了以提高农产品质量、抗逆性、产量等品质为目标，应用多项转基因的第二次生物工程革命，并培育出大量具有突破性的新品种，如富含铁的大豆、富含维生素的水稻，抗除草剂、抗鳞翅目中更多害虫的棉花等。随着我国对外开放的不断深入，国内生物技术的不断提高，在一个棉花品种中，将集中多个不同功能的外来基因，使其具有更多的特性，如具有抗多种害虫、抗除草剂、抗干旱、抗盐碱、抗病以及高品质和高产量等品质多项转基因优良品种。

棉花绒长多样化

我国棉花品种绒长长度单一，95%以上集中在27-29毫米的范围，仅适合纺32-40支纱，缺少长度为31-32毫米和25-26毫米纺高支纱和低支纱的原棉。要根据纺织工业要求，适当培育长绒棉和短绒棉，对中长绒棉也要注意协调长度、细度和强力等指标。同时，适当发展一些彩棉等特殊用途的棉花品种。