国家863计划课题——水稻栽培稻籼粳两个亚种的比较基因组学研究课题进展顺利。课题组经过大量的基础研究、分析工作，在国际上率先完成了籼稻4号染色体基因组精确测序，这也是迄今为止完成的最大连续长度的籼稻单条染色体基因组序列。
籼稻和粳稻两个亚种代表了世界上绝大多数的水稻作物品种。同时，籼粳栽培稻是现有主要杂交稻的亲本来源，籼粳杂种优势的利用是今后水稻杂交育种的主要发展方向。因此解析水稻基因组序列，特别是籼粳两个亚种间的比较基因组分析是改进水稻品质、使水稻优质高产以及抗病抗逆性强的重要前提与基础。
课题组通过系统地对籼、粳稻4号染色体基因结构、组成和顺序的异同进行分析和比较，同时包括对单核苷酸的多态性和插入或缺失的比较分析，获得了籼粳基因组差异的重要遗传信息；鉴定了两个主要栽培稻亚种间的亲缘和进化关系；完成了水稻4号染色体特异DNA芯片的研制及部分表达谱分析，并结合精确的4号染色体序列信息，鉴定和验证了预测的基因表达信息，获得了一个完整系统的单条染色体所含基因的表达分析，其结果可以作为全基因组表达分析的评价的参考标准。这一系列研究成果，为阐明籼粳杂种优势的遗传基础和更有效利用籼粳杂交育种材料提供了分子遗传依据，为水稻高产、优质、增强抗病、抗逆性提供了重要的数据基础。
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