瑞士与印度共同进行的一项调查结果指出，印度转基因农作物研究较为分散而且管理方面也缺乏透明性。
今年四月份，瑞典斯德哥尔摩环境学院和印度班加罗尔预算预政策研究中心共同发表了这份名为《印度农业生物科技以及生物安全：期望、成果及教训》的调查报告。该报告称，由印度公共部门研究组织所开发的转基因农作物不大可能在2007年以前进入市场。因为这不仅需要一个或多个研究部门今年开始进行大面积的田间试验，而且还需要公众接受转基因农作物，以及顺利与跨国公司对技术知识产权达成授权协议等问题需要解决。该报告对印度针对转基因农作物的规定评价说：“既没有相关各方的支持，政府也没有让大众了解生物安全责任系统是否存在以及它怎样运行。”
这次调查是瑞典国际发展合作组织（SIDA）所发起的“亚洲生物安全比较计划”中的一部分，主要是通过问卷及采访公共与私营研究部门的有关人士和国内民间社会组织进行的。
到2004年底，印度科学家们已经开始研究19种转基因农作物。大部分是在实验室或温室试验中完成的；其中的6种——大米、西红柿、棉花、土豆、烟草以及西瓜——已经进入了封闭式田间试验阶段。到现在为止，还没有一个进入大规模田间试验阶段。
该报告称，印度生物科技部门从二十世纪九十年代开始强调转基因农作物研究能力建设导致研究项目越来越多，而且覆盖众多种类的农作物及其特征，但是却没有研究重点。不同的研究部门在研究相同的农作物及其特性，但是却没有相互协调、互相分工。
该调查报告补充说，想要进行大规模田间试验并且传播转基因技术的公共部门研究组织缺乏资金、基础设施以及现场支持人员。这意味着政府一手在鼓励促进转基因农作物的发展，而同时另一手却在抑制它的发展。
私营部门从1995年就开始致力于将转基因农作物引入印度，当时种子公司Mahyco获得了印度政府的批准，可以从总部在美国的Monsanto公司引进转基因棉花种子来培植印度棉花品种。在随后的时间里，印度国内的各公司继续从北美以及西欧进口转基因种子来与印度本土农作物培植杂交品种。
该报告还强调了印度国内完全没有对社会科学家、民间社会组织的研究代理以及私营部门企业和研究组织进行管理的机构。报告中认为“根本不可能发现”管理机构在风险评估时使用的是什么标准，他们所讨论的到底是什么问题。这种现象将危及印度政府为加强公众对生物科技于生物安全系统的信任所做出的努力。
Monsanto公司的Bt棉花是至今为止在印度唯一商业化的转基因农作物。该报告称，由于Bt棉花的原因，印度生物安全管理部门现在面临一些部门结构和政策实施方面的问题。在卡纳塔克邦调查Bt棉花的过程中，调查人员发现由印度生物技术部执行的监测与评估活动“草率而缺乏针对性”。这些活动仅局限于测量Bt与非Bt棉花田地、螟蛉虫害等级、螟蛉在试验田中的迁移活动以及杀虫剂喷洒的频率和数量。但是该部门却没有独立而集中地对诸如花粉与基因向临近植物的传播、食用Bt棉籽的家畜健康是否受到影响、或Bt棉花潜在的农业及社会经济影响等一些问题进行危险评估。调查报告称，无法肯定这样玩忽职守的行为是否只在某个地区存在还是在所有的Bt棉花试验田中都是如此，因为印度国内主要的管理机构——基因工程批准委员会已经拒绝将相关报告发布到其公共域名上，虽然民间社会组织以及媒体一直在呼吁此事。调查报告还指出，政府并没有下令对Bt害虫的潜在增长进行长期安全调查或监测。
不仅如此，印度政府还未能有效地阻止国内公司贩卖非法Bt棉籽活动，这种转基因棉种与授权给Monsanto公司的棉籽产品含有相同的基因且价格更低。Navbharat种子公司采用这种棉籽收获的产品在2001年就进入了市场，而在同年Monsanto的Bt棉花才刚刚获得批准开始种植。
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