甘肃省种子管理总站于1990年成立，属县级编制，财政全额拨款事业单位，核定事业编制50人，同时加挂甘肃省农作物种子质量监督检验站、农业部玉米种子质量监督检测中心（兰州）、甘肃省农作物种子质量监督检验中心三块牌子。其中“甘肃省农作物种子质量监督检验站”已于1993年5月通过甘肃省技术监督局的计量认证和机构认可，“农业部玉米种子质量监督检测中心（兰州）”已于1999年7月通过国家计量认证和农业部的机构认可。现有在职人员42人，其中高级农艺师以上职称12人（含推广研究员3人）、农艺师16人，分别占总人数的28.6%和38.1%；有检验仪器设备60余台（套），办公用房1046平方米，拥有固定资产402万元。内部设立办公室、良种繁育管理科、种子行业管理科、品种审定办公室、检验综合业务室、检验一室、检验二室等7个职能科室。

甘肃省种子管理总站是从事全省种子行业经营、生产、品种、市场、质量等行政管理的执法机构，并统揽全省种子工程工作。主要职能是负责制订全省种子工作规划，起草本省种子管理方面的法规，贯彻落实国家和省上的相关法律法规，种子生产、经营许可证的发放，种子生产经营市场管理，各类农作物新品种引进、试验、示范、审定、推广，原良种生产及管理，种子质量监督管理，承担种子质量监督检验和仲裁检验，甘肃省农作物品种审定委员会的日常工作，种子进出口、进出省管理，中央、省级救灾备荒种子储备安排和管理等工作。