南平市农科所创建于1955年，是闽北唯一的以水稻、食用菌、牧草、西瓜、果树、蔬菜品种选育及配套丰产栽培技术研究为主的综合性农业科研机构。占地面积721.5亩，其中试验果场450亩，试验农场77亩，旱地15亩，鱼塘45亩，试验、办公、生活等建筑群2.3万平方米。拥有14万立方米水库一座，中心化验室一个，收藏专业图书数十万册及数千份农作物品种与种质资源。全所设水稻育种、园艺、植保、土肥、畜牧、成果推广开发、食用菌以及试验农果场等8个专业研究室（场）和科管室、办公室、保卫科3个职能部门。现有中高级研究人员30多人。每年承担国家、省、地（市）下达各类农牧科研课题项目10个以上，并与省内外农业科研单位有协作研究和广泛联系。 几十年来，南平市农科所几代农业科技工作者，立足闽西北山区艰苦条件，以顽强毅力，完成了500多个研究课题，出版了《闽北农业科技》刊物90期5000册，编撰了11本农业科技专集，并以一大批科研成果与实用技术为后盾，先后培训了数以万计的农技人员与种田能手。改革开放以来，有63项科研成果获得各级政府奖励，创造了数十亿的社会经济效益。科研实力和实绩居我省地级研究所前列。

水稻育种研究方面，先后选育出一系列水稻优良品种在生产上大面积应用，近五年就育成13个水稻品种通过省级以上审定，其中2个获国家植物新品种权保护。育成的“南厦060”被农业部列为全国推广的优质早稻品种；“特优175”打破水稻高产世界纪录，已在全国推广150万亩；“Ⅱ优辐819”在南方稻区大面积示范推广种植，2004年推广面积超过100万亩，成为南平市种植面积最大的品种；“特优009”2002、2003连续两年国家区试产量居第一；2004年春在海南国家863计划的全国155个新品种展示中，南平市农科所推荐的4个优质杂交稻新品种进入前20名，分列第2、6、13、19名，展示出该所较强的水稻育种研究实力。

南平市农科所是福建省四个主要的食用菌研究推广机构之一，与浙江省合作选育的香菇新品种“241-4” 在南平市年推广规模达1亿袋，占南平市香菇生产总量的一半；选育的花菇新品种“南花103” 已成为闽北花菇主栽品种。该所还是全国唯一小麦抗赤霉病田间自然鉴定基地。南平市农科所拥有福建省最大最规范的牧草引种示范推广基地，引进筛选的优良牧草品种“南牧1号”、“8493”青饲玉米等正在大面积应用。此外，该所在西瓜、蔬菜、果树、中药材等新品种选育与开发推广，以及农药、化肥开发与社会化服务等方面均取得了可喜的成绩，为闽北乃至我国南方农业发展与农民增收做出了应有贡献。