杭州市农业科学研究院（Hangzhou Academy of Agricultural Sciences）成立于2004年3月，是在原杭州市农业科学研究所、杭州市水产科学研究所、杭州市蔬菜科学研究所、杭州市茶叶科学研究所的基础上进行资源整合，重新组建的农业综合研究机构。

杭州市农科院主要承担全市农业和农产品开发性、应用性研究任务，开展农业先进适用技术的引进、推广和示范，在杭州农民增收、都市农业发展和生态市建设方面发挥农业科技龙头作用。研究的范围涉及水产、蔬菜（食用菌）、园艺、茶叶、农作物、畜牧、生物技术、农业科技信息和农产品质量检测。

全院拥有各类专业技术人员100人，其中高级职称17人，中级职称42人。科技人员中有享受国务院特殊津贴的2人，杭州市“131”人才培养16人，浙江省“151”人才培养1人。

建院前“四所”共有159个项目获得市科技进步三等奖以上奖励，其中国家科技进步三等奖1项、省部级奖励48项、市级奖励110项。